Resultado de búsqueda
Por lo general, cuando una nueva secuencia es obtenida, se usa el BLAST para compararla con otras secuencias que han sido previamente caracterizadas, para así poder inferir su función. El BLAST es la herramienta más usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias proteicas.
BLAST se utiliza habitualmente para comparar una secuencia dada contra toda una base de datos de millones de secuencias. Producen alineamientos locales entre cada pareja de secuencias. Además generan un valor se significación estadística para cada alineamiento.
El algoritmo BLAST analiza el problema de la búsqueda de bases de datos de secuencias, en donde tenemos una consulta, que es una nueva secuencia, y un objetivo, que es un conjunto de muchas secuencias antiguas, y nos interesa saber a cuál (si alguna) de las secuencias diana es la consulta relacionada.
La familia de programas BLAST es la más utilizada para buscar secuencias similares en una base de datos dada una secuencia problema. Esta práctica consta de dos partes, en la primera nos familiarizaremos con el interfaz web del servidor BLAST del NCBI y en la segunda utilizaremos BLAST para resolver algunos problemas prácticos.
¿Qué significa BLAST? BLAST es el acrónimo de Basic Local Alignment Search Tool. Fué desarrollado por Altschul en 1990 y es el algoritmo mas empleado por el NCBI. La principal característica del BLAST es su velocidad, pudiendo tomar pocos minutos cualquier búsqueda en la totalidad de la base de datos.
The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.
BLAST. BLAST ( Basic Local Alignment Search Tool) es un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local ya sea de ADN o de proteínas. El programa es capaz de comparar una secuencia problema (comúnmente llamada query) contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos.
