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De su matrimonio con Magdalena Sibila, tuvieron los siguientes niños: Cristián (1654-1663), príncipe heredero de Sajonia-Altemburgo, muerto joven; Juana Magdalena (1656-1686) casada con el duque Juan Adolfo I de Sajonia-Weissenfels (1649-1697); Federico Guillermo III (1657-1672), el último representante de la Casa de Sajonia-Altemburgo.
La muerte de su hermano mayor, Cristián (1663), lo convirtió en el nuevo heredero del ducado de Sajonia-Altemburgo. Cuando su padre murió en 1669, Federico Guillermo III lo sucedió; no obstante, debido a que solo tenía doce años de edad sus tíos maternos, el elector Juan Jorge II de Sajonia y el duque Mauricio de Sajonia-Zeitz , asumieron la tutela del nuevo duque y la regencia del ducado.
Juan Guillermo (Torgau, 13 de abril de 1600-caído en las afueras de Brieg, 2 de diciembre de 1632), duque de Sajonia-Altemburgo; Dorotea (Torgau, 26 de junio de 1601-Altemburgo, 10 de abril de 1675), se casó el 24 de junio de 1633 con Alberto IV de Sajonia-Eisenach.
Isabel Sofía de Sajonia-Altemburgo (Halle, 10 de octubre de 1619-Gotha, 20 de diciembre de 1680) fue una princesa de Sajonia-Altemburgo y, por matrimonio, duquesa de Sajonia-Gotha. Fue la única hija del duque Juan Felipe de Sajonia-Altemburgo , y de su esposa, Isabel de Brunswick-Wolfenbüttel .
Juan Guillermo de Wettin (Torgau, 13 de abril de 1600 - Lager, cerca de Brieg, 2 de diciembre de 1632). 5 relaciones: Ana María del Palatinado-Neoburgo , Federico de Sajonia-Altenburgo (1599-1625) , Federico Guillermo I de Sajonia-Weimar , Juan II de Sajonia-Weimar , Línea ernestina .
Federico II, Duque de Sajonia-Gotha-Altneburgo (Gotha, 28 de julio de 1676 - Altemburgo, 23 de marzo de 1732). Juan Guillermo (Gotha, 4 de octubre de 1677 - muerto en batalla, Toulon, 15 de agosto de 1707), General Imperial. Isabel (Gotha, 7 de febrero de 1679 - fallecido de viruela, Gotha, 22 de junio de 1680).
Después de la muerte de su padre Federico heredó el ducado de Sajonia-Altemburgo junto con sus hermanos Juan Felipe, Juan Guillermo y Federico Guillermo II. Sus tutores fueron el Elector Christian II de Sajonia y su tío, el duque Juan II de Sajonia-Weimar. Después de que Juan II murió en 1605, Christian II era su único guardián.
