Juan es un nombre de pila de varón en castellano.Proviene del hebreo Yohannan (יוֹחָנָן), "Favorecido por Yah (Yahvé)", o Yehohanan (יְהוֹחָנָן), "Yah (Yahvé) es favorable (benévolo)".
Nació en Graz hijo del Duque Carlos II de Estiria, Archiduque de Austria (1540-1590), y de María Ana de Baviera (1551-1608), y nieto de Fernando I del Sacro Imperio Romano Germánico. Fernando recibió una educación estricta jesuita que culmina en sus años en la Universidad de Ingolstadt .